Gambar di kiri menunjukkan hasil dari deteksi Vibrio pada udang vaname menggunakan qPCR berupa grafik yang dapat dianalisis langsung untuk mengetahui keberadaan bakteri Vibrio serta kuantitasnya. 

Gambar di kanan menunjukkan hasil proses elektroforesis dari materi genetik Vibrio yang dicocokkan pada sampel untuk menentukan keberadaan bakteri Vibrio. 
 

Perbandingan qPCR dengan Chromogenic Agar 

Aplikasi qPCR memiliki beberapa keunggulan dari chromogenic agar dalam pengecekan penyakit, yakni pada tingkat akurasi dan durasi penggunaan.
 

Tingkat Akurasi 

Berdasarkan hasil analisis pada level molekuler, metode qPCR memberikan hasil yang lebih akurat daripada chromogenic agar yang didasarkan pada aktivitas enzimatik. 

Chromogenic agar masih dapat digunakan sebagai analisis sederhana untuk memberikan indikasi awal adanya penyakit udang vaname di suatu daerah. Namun, hasil dari chromogenic agar perlu dikonfirmasi lebih lanjut dan belum dapat digunakan sebagai acuan tindakan yang akan dilakukan. 

Dengan metode qPCR, petambak dapat memastikan spesies patogen secara presisi sekaligus mengetahui estimasi kelimpahan patogen pada saat pengambilan sampel. 

Selain itu, terdapat beberapa kemungkinan bias pada penentuan spesies dengan menggunakan chromogenic agar akibat faktor berikut: 

• pengaruh suhu
• kesamaan warna antar varietas  

Hasil warna pada chromogenic agar rentan berubah akibat perubahan suhu, sehingga penentuan spesies penyakit menjadi tidak akurat. 

Sebagai contoh pada deteksi Vibrio pada udang vaname, hasil warna yang keluar berpotensi berubah dari indikasi Vibrio parahaemolyticus (ungu muda) menjadi Vibrio harveyi (ungu tua). 

Kemungkinan bias spesies juga terdapat pada perkiraan spesies dari hasil warna ungu muda yang muncul ini. Warna ungu muda yang muncul dapat disebabkan oleh bakteri Vibrio parahaemolyticus penyebab AHPND, Vibrio parahaemolyticus non-AHPND, serta Vibrio hepatarius. 

Hal ini tentu menyebabkan hasil deteksi Vibrio pada udang vaname menjadi tidak akurat dalam mencegah AHPND. 
 

Durasi Deteksi Penyakit 

Proses deteksi penyakit udang vaname dengan qPCR relatif lebih cepat dibandingkan dengan chromogenic agar. 

Durasi proses deteksi dengan qPCR hanya memakan waktu beberapa jam, yang lebih singkat dengan durasi chromogenic agar yang bisa lebih dari 1 hari. Hal ini disebabkan oleh prinsip chromogenic agar yang harus melalui proses inkubasi untuk menumbuhkan bakteri terlebih dahulu. 

Chromogenic agar dapat memperlihatkan hasil warna setelah bakteri yang ditargetkan tumbuh dan membentuk koloni terlebih dahulu. Sedangkan, qPCR hanya perlu melalui proses ekstraksi materi genetik dan analisis dengan mesin qPCR. 

Sebagai contoh, proses deteksi Vibrio pada udang vaname dengan menggunakan chromogenic agar diperkirakan dapat memakan waktu 18-24 jam untuk masa inkubasinya. 
 

Cek Penyakit Tambak Anda bersama CeKolam 

CeKolam menghadirkan layanan cek penyakit termasuk deteksi Vibrio pada udang vaname dengan teknologi Real-Time PCR yang akurat dan cepat. 

CeKolam merupakan penyedia layanan deteksi penyakit tambak yang dipelopori oleh Nusantara Genetics atau Nusantics. 

Nusantics sendiri telah dikenal sebagai penyedia layanan tes PCR selama masa pandemi yang dapat diandalkan. Sebanyak 8 juta produk Nusantics telah digunakan untuk mendeteksi virus COVID-19.