Teknologi Next Generation Sequencing: Ketahui Keragaman Mikroba di Tambakmu

Beranda

Blog

Blog

Teknologi Next Generation Sequencing: Ketahui Keragaman Mikroba di Tambakmu

December 11, 2024 by Revfvi Al Ghaney Rizal

Salah satu tantangan terbesar dalam dunia tambak udang saat ini yaitu maraknya penyakit udang yang terus berkembang. Ini menjadi sebuah cerita lama yang terus berulang dikarenakan ancaman penyakit udang akan selalu menghantui petambak apabila manajemen budidaya tidak dilakukan dengan baik.

Salah satu contoh yang banyak dirasakan oleh petambak yakni kesulitan dalam manajemen kualitas air. Sebagai contoh penyakit udang vaname yang terbukti menyebabkan kerugian besar bagi petambak yakni Acute Hepatopancreatic Necrosis Disease (AHPND) yang mana penyakit ini juga sering disebut dengan Early Mortality Syndrome (EMS). AHPND/EMS disebabkan kondisi air yang buruk dengan tingginya limbah organik di tambak udang serta meningkatnya jumlah mikroba dengan jenis Vibrio sp. yang menjadi penyebab penyakit ini muncul.

Pentingnya Kualitas Air untuk Keseimbangan Ekosistem Mikroorganisme

Kualitas air di tambak udang sangat dipengaruhi oleh jumlah dan jenis mikroba yang ada di dalamnya. Mikroba memiliki peran penting dalam menjaga keseimbangan ekosistem. Ekosistem perairan yang seimbang memungkinkan keberlangsungan budidaya udang yang terjaga. Apabila terjadi ketidakseimbangan ekosistem, hal ini dapat menciptakan kondisi air yang penuh dengan agen penyakit. Dominasi bakteri patogen seperti Vibrio yang lebih tinggi dibanding bakteri probiotik dapat memicu munculnya penyakit udang vaname yang merugikan.

Hal ini yang menjadi sebab manajemen kualitas air menjadi sangat penting dalam keberhasilan budidaya. Tindakan cek tambak perlu dilakukan terutama untuk mengetahui kondisi parameter biologis dan keragaman mikoba di air. Namun terkadang mengetahui keragaman mikroba masih sulit dilakukan di tambak udang.

Ketahui Keragaman Mikroba dengan Next Generation Sequencing (NGS)

Salah satu metode untuk mengetahui keragaman mikroba adalah Next Generation Sequencing (NGS). NGS membantu secara mendalam keberadaan berbagai jenis bakteri, virus dan jamur. Metode NGS memungkinkan untuk mendapat hasil data mikroba dengan lebih akurat dan memungkinkan identifikasi spesies. Keunggulannya adalah tingkat sensitivitas yang tinggi, cepat dan hasil data yang kaya.

Jika dibandingkan dengan prosedur lain, metode NGS dapat menemukan variasi dasar mikroba yang sebenarnya. NGS memiliki kemampuan identifikasi basa yang lebih presisi dibandingkan metode identifikasi uji konvensional dengan pengkulturan. Temuan analisis NGS ini dapat memberikan gambaran profil mikroba secara akurat yang akan menunjukkan dominasi mikroba secara umum.

Metode NGS vs Metode Kultur Bakteri

Jika dibandingkan dengan metode uji kultur, NGS jauh lebih akurat dan cepat. Metode kultur konvensional membutuhkan waktu pengerjaan yang cukup lama. Hanya bakteri yang mampu bertahan hidup dan tumbuh di kondisi laboratorium yang dapat diidentifikasi menggunakan teknik ini, serta kurang efektif untuk menggambarkan keragaman mikroba secara keseluruhan.

Dalam kegiatan cek tambak, diperlukan metode yang cepat dan akurat untuk mengetahui kondisi perairan dan keragaman mikroba. Agar sebagai petambak mendapatkan hasil yang cepat dan bisa membuat keputusan perlakuan di tambaknya. NGS memungkinkan identifikasi dari berbagai macam patogen secara langsung baik dari bakteri, virus atau jamur tanpa perlu proses kultur yang memerlukan banyak waktu.

Nunsatics menyediakan layanan NGS di Indonesia

Cek tambakmu sekarang bersama Nusantics! Nusantics kini menghadirkan layanan NGS pertama dan satu-satunya di Indonesia untuk kebutuhan tambak Anda. Dengan layanan AquaCheck, Anda dapat menganalisis keragaman mikroba pada sampel air, baik sebelum maupun sesudah difermentasi, sehingga kualitas air sumber dan air tambak Anda terjamin.

Sementara itu, ProCheck membantu Anda mengetahui keragaman mikroba pada campuran pakan atau produk probiotik, mendukung proses quality control secara efektif. Tingkatkan produktivitas tambak Anda dengan langkah yang lebih ilmiah dan terpercaya!

Hubungi admin CeKolam sekarang untuk informasi dan pemesanan 0882-1877-4777!

Referensi

https://www.minapoli.com/info/10-jenis-penyakit-udang-vaname-kronis-tips-mengatasinya
Chen L, Liu P, Evans TC, Ettwiller LM. 2017. DNA damage is a pervasive cause of sequencing errors, directly confounding variant identification. Science (80). 355, 752–756.
Sabat AJ, Zanten EV, Akkerboom V, Wisselink G, Slochteren KV, de Boer RF, Hendrik R, Friedrich AW, Rossen. 2017. Targeted next-generation sequencing of the 16S-23S rRNA region for culture- independent bacterial identification- increased discrimination of closely related species. Sci. Rep. 7 DOI:10.1038/s41598- 017-03458-6

Fresh Articles