Sejak dideteksi pertama kali di Afrika Selatan, varian Omicron menyebar begitu cepat dan diklasifikasikan sebagai variant of concern oleh WHO pada 26 November 2021. Untuk memitigasi penyebaran lebih lanjut, Omicron perlu dideteksi lebih cepat agar langkah-langkah pencegahan penyebaran seperti isolasi mandiri dapat dilakukan.

Untuk mengidentifikasi varian virus COVID-19, perlu dilakukan proses whole genome sequencing. Masalahnya, tidak semua tempat memiliki fasilitas ini. Kemudian para ilmuwan menyadari ciri khas Omicron yang tidak memiliki gen Spike (S-gene) dan hal ini dimanfaatkan untuk mendeteksi varian lebih cepat, yaitu metode S-gene Target Failure (SGTF).
 

Mengenal PCR S-Gene Target Failure (SGTF)

Mengutip epidemiolog Dicky Budiman untuk Kompas, PCR memang masih menjadi tes yang paling akurat untuk mendiagnosis COVID-19. Diperkirakan sekitar 90 persen ketika seseorang melakukan tes PCR dan hasilnya positif, kemungkinan besar orang tersebut memang terpapar varian Omicron yang saat ini sudah mendominasi sebagian besar kasus.

Tes PCR untuk mendeteksi virus COVID-19 mengevaluasi keberadaan gen virus seperti Spike (S), N, dan ORF1ab. Pada varian Omicron, gen Spike (S) ini tidak ditemukan, inilah yang disebut S-Gene Target Failure. Tingkat deteksi Omicron lebih cepat dibandingkan dengan strain varian virus lainnya, menunjukkan bahwa Omicron mampu berkembang lebih cepat.

Setelah seseorang menjalani tes PCR-SGTF dan menunjukkan hasil positif, hasil sampel ini akan dikirim untuk menjalani proses whole genome sequencing (WGS) atau sekuens genomik penuh untuk dikonfirmasi.

Karena saat ini Omicron sudah mendominasi sebagian besar kasus, Menteri Kesehatan Budi Sadikin menyatakan bahwa deteksi Omicron tak lagi perlu melalui proses WGS. WGS hanya akan digunakan untuk memantau dan memetakan pola persebaran varian saja.

Metode PCR-SGTF ini digunakan karena dianggap sebagai cara yang jauh lebih cepat untuk mendiagnosis seseorang terinfeksi Covid-19 varian Omicron. Tujuan utamanya adalah agar dapat segera mengambil tindakan isolasi mandiri dan mencegah penyebaran virus yang lebih luas karena kecepatan varian ini dalam menginfeksi manusia.

Kompas juga memberitakan program pemerintah terkait ketentuan pemeriksaan PCR-SGTF untuk meningkatkan deteksi varian Omicron yang merebak. Ketentuan ini dipublikasikan dalam Surat Edaran Kemenkes Nomor SR.01.06/II/592/2022 tentang Deteksi Kasus Varian Virus SARS-CoV-2 sebagai berikut:

1. Seluruh spesimen kasus konfirmasi COVID-19 dilakukan pemeriksaan PCR SGTF.
2. Koordinator pemeriksaan SGTF yang ditunjuk adalah Laboratorium Pembina Provinsi serta berkoordinasi dengan Dinas Kesehatan Provinsi setempat.
3. Sampel dikirimkan ke laboratorium pemeriksa PCR SGTF sesuai daftar.
4. Pencatatan dan pelaporan hasil tes SGTF melalui aplikasi New All Record (NAR) TC-19.
5. Kemenkes akan mengirimkan reagen SGTF ke setiap provinsi berdasarkan perhitungan kasus konfirmasi Covid-19 yang telah dilaporkan melalui aplikasi NAR TC-19 dan akan diperbarui tiap bulan.

• Hidung tersumbat
• Batuk
• Sakit kepala
• Sakit tenggorokan

• Dewi, Retia Kartika. “Mengenal STGF, Cara Yang Digunakan Untuk Mendeteksi Varian Omicron” KOMPAS.Com, 2 Feb. 2022, www.kompas.com/tren/read/2022/02/02/175938465/mengenal-stgf-cara-yang-digunakan-untuk-mendeteksi-varian-omicron.
• Gunawan, Indra. “Deteksi Omicron Tidak Lagi Pakai WGS, Ini Keunggulan PCR-SGTF” [Jakarta]. Bisnis.com, 24 Jan. 2022, kabar24.bisnis.com/read/20220124/15/1492546/deteksi-omicron-tidak-lagi-pakai-wgs-ini-keunggulan-pcr-sgtf
• Li, Anthony, et al. “Omicron and S‐gene Target Failure Cases in the Highest COVID‐19 Case Rate Region in Canada—December 2021.” Journal of Medical Virology, vol. 94, no. 5, 2022, pp. 1784–86. Crossref, doi.org/10.1002/jmv.27562.
• Schering, Steve. “CDC Study: Pediatric COVID-Related Hospitalizations Rose during Omicron Surge.” American Academy of Pediatrics, 15 Feb. 2022, publications.aap.org/aapnews/news/19569.